Σημαντική παράμετρος της διεθνούς αναγνώρισης της οποίας τυγχάνει το Πανεπιστήμιο είναι οι διεθνείς λίστες κατάταξης πανεπιστημίων. Σε λιγότερο από 11 χρόνια λειτουργίας, το ΤΠΚ έχει καταλάβει υψηλές θέσεις σε διεθνείς κατατάξεις. Συγκεκριμένα, στα Times Higher Education World University Rankings (ΤΗΕ) 2017-18, το ΤΠΚ κατατάσσεται στις θέσεις 351-400 παγκοσμίως και πρώτο ανάμεσα στα κυπριακά Πανεπιστήμια.
Το μεταπτυχιακό πρόγραμμα Mάστερ αντιμετωπίζει διεπιστημονικά το αντικείμενο της Βιοτεχνολογίας προσφέροντας θεωρητική κατάρτιση στις βασικές επιστήμες που διέπουν τα βιοτεχνολογικά επιτεύγματα, με προηγμένα μαθήματα υποδομής στη Βιοχημεία, Μοριακή Βιολογία και Μικροβιολογία και εξειδικευμένα μαθήματα Γενετικής Μηχανικής, Βιοτεχνολογικών Εφαρμογών, Βιοοικονομίας, Βιοηθικής και Βιοασφάλειας, Μοριακής Οικολογίας, Βιοπληροφορικής κ.ά,. Η θεωρητική κατάρτιση συνδυάζεται με απόκτηση σημαντικής εργαστηριακής εμπειρίας στη χρήση προηγμένων τεχνικών που χρησιμοποιούνται ευρέως στην αγροπεριβαλλοντική και φαρμακευτική βιομηχανία, στους δημόσιους ελεγκτικούς φορείς και στην έρευνα και ανάπτυξη καινοτόμων προϊόντων.
Στόχος του προγράμματος είναι η θεωρητική και τεχνική κατάρτιση των φοιτητών στις σύγχρονες μεθόδους Μοριακής Βιολογίας και Βιοτεχνολογίας που θα τους καταστήσει ικανούς για εξειδικευμένη επιστημονική εργασία, αλλά και για συνέχιση των σπουδών τους σε διδακτορικό επίπεδο.